Bioinformatika v biochemii a mikrobiologii
Navazující magisterský program, Fakulta potravinářské a biochemické technologie
O oboru
Analýzy rozsáhlých datových souborů se stávají nedílnou součástí současné biochemie a mikrobiologie. Zdroji dat jsou moderní metody sekvenování nukleových kyselin, výpočetní chemie a biologie, testování potenciálních léčiv a podobné aktivity. Cílem programu je připravit absolventy na práci s informacemi a analýzu dat. Naučíte se aktivně pracovat s programy pro analýzu biologických dat, například provádět veškeré analýzy genomických a proteomických projektů. Dále se naučíte používat molekulové simulace nebo metody strojového učení. Navíc získáte hluboké znalosti biochemie, mikrobiologie, molekulární biologie, biofyzikální chemie, forenzní genetiky, imunologie a genového inženýrství. Tyto znalosti je možné profilovat s ohledem na to, jestli směřujete své zájmy na medicínu, životní prostředí nebo jiné oblasti.
Uplatnění
- Biochemický a mikrobiologický výzkum a vývoj
- Analýza dat
- Klinická diagnostika
- Klinické testování
- Farmaceutický výzkum a vývoj
Detaily programu
| Jazyk výuky | český |
| Doba studia | 2 roky |
| Forma studia | prezenční |
| Garant studia | Vojtěch Spiwok |
| Místo studia | Praha |
| Kapacita | 12 studentů |
| Kód akreditace (MŠMT kód) | N0588A130002 |
| VŠCHT kód | N311 |
Studijní plány
>> Studijní plány <<Státní závěrečná zkouška
I. okruh: ZPRACOVÁNÍ A STATISTICKÁ ANALÝZA DAT vychází z předmětů:
Statistická analýza dat, Bioinformatické zpracování dat, Úvod do Pythonu a Mnohorozměrná analýza dat.
II. okruh: GENOMIKA A TRANSKRIPTOMIKA vychází z předmětů:
Genové inženýrství, Analýza sekvenačních dat a Databáze a počítačové nástroje v biochemickém výzkumu.
III. okruh: PROTEOMIKA A MOLEKULÁRNÍ MODELOVÁNÍ vychází z předmětů:
Molekulové modelování, Databáze a počítačové nástroje v biochemickém výzkum, Moderní instrumentální metody strukturní biologie, Seminář strukturní bioinformatiky a Proteomická analýza.
IV. okruh: BIOCHEMIE PROKARYOT A EUKARYOT vychází z předmětů:
Seminář biochemie prokaryot a eukaryot, Molekulární biologie a jejich prerekvizit.
Příklady projektů
Bioinformatika v biochemii a mikrobiologii začíná v září 2025. Proto zde uvádíme příklady projekty diplomových prací absolventů a absolventek stávajících oborů s bioinformatickou tematikou, které byly vedeny pedagogy nového programu.
Proteomická analýza vybraných linií odvozených od osteoblastů kultivovaných v bezsérových médiích
Velká část experimentů na savčích tkáňových kulturách je založena na kultivaci v médiu obsahujícím fetální hovězí sérum. Z vědeckých, finančních i etických důvodů je snaha tato média nahradit za bezsérová média. Diplomová práce Anny Sekyrové, obhájená 2023, se zabývala vlivem médií na složení proteinů exkretovaných tkáňovými kulturami. Anna dnes studuje doktorát na Ústav molekulární a translační medicíny Lékařské fakulty Univerzity Palackého v Olomouci.
Tvorba komplexu heveinové domény HEV32 s oligosacharidy studovaná pomocí simulačních metod zlepšujících vzorkování
Diplomová práce využívající pokročilé molekulové simulace byla obhájena Ing. Janem Beránkem v roce 2022. Jan dnes studuje doktorát na VŠCHT pod vedením garanta programu.
Analýza genomu environmentálního izolátu Silvimonas sp. sekvenovaného pomocí nanopórové technologie
Diplomová práce využívající celogenomové sekvenování pro studium nové bakterie s unikátními schopnostmi degradovat látky znečišťující životní prostředí byla obhájena v roce 2021 Martinou Jeřábkovou. Martina dnes studuje doktorát na VŠCHT.
Zvyšování efektivity molekulárních simulací pomocí strojového učení
Diplomová práce kombinující simulaci molekulové dynamiky a metody strojového učení byla obhájena Ing. Helenou Hradiskou v roce 2023. Výsledky byly publikovány v časopise Journal of Physical Chemistry B. Helena dnes studuje doktorát na univerzitě v Tromsø v Norsku.
Ekologická charakterizace izolátů rodu Cellulomonas z vybraných akvatických habitatů
Diplomová práce Magdaleny Vydrové, obhájená v roce 2023, se zabývala genomikou bakterií schopných degradovat celulózu. Magdalena dnes studuje doktorát na VŠCHT.
Team
Vojtěch Spiwok
garant oboru, specialistana strukturní bioinformatiku
Michal Strejček
specialista na genomiku
Jiří Šantrůček
specialista na proteomiku
Petra Lipovová
duchovní matka programu